В хранении большое значение имеет целостность зерен рапса, его величина и зрелость, необходима принудительная аэрация для охлаждения семян рапса и сохранения качества масла, также это предотвращает возникновение плесени. Особое внимание уделяется при борьбе с вредителями рапса.